dynamic na BIOSENSORS heliX cyto Ganap na Automated Laboratory Analysis System Manual

Ang heliX cyto system ay idinisenyo para sa single-cell Interaction Cytometry (scIC) upang sukatin ang mga nagbubuklod na kinetics ng mga fluorescently na may label na molekula sa mga target sa mga ibabaw ng cell sa paraang nalutas sa oras.

Mga Tagubilin sa Paggamit ng Produkto

Gamit ang heliXcyto Chip

Ang heliXcyto chip ay naglalaman ng isang microfluidic channel na may mga electrode spot para sa pagkuha at pagsukat ng cell. Tiyakin ang wastong pagkakalagay ng chip at sundin ang mga tagubilin para sa pag-trap ng mga cell.

Pagpapanatili ng Chip

Gamitin ang Maintenance Chip para sa paglilinis, pagsubok, at pagpapatakbo ng pagpapanatili lamang. Iwasang gamitin ito para sa mga eksperimento upang maiwasan ang kontaminasyon.

Tumatakbong Buffer

Gamitin ang Running Buffer 1 (RB 1) habang sinusukat. Sumangguni sa scIC compatibility sheet sa pangunahing gabay para sa detalyadong impormasyon.

Pagsusuri ng Sensorgram

Subaybayan ang sensorgram sa real-time sa heliOS software sa panahon ng mga pagsukat. Suriin ang fluorescent na tugon sa paglipas ng panahon upang kunin ang mga kinetic rate.

Kawalang-sigla

Isaalang-alang ang paggamit ng passivation bilang isang opsyonal na hakbang upang maiwasan ang analyte adsorption sa pamamagitan ng pagpapapisa ng isang passivation reagent sa chip.

Normalisasyon

Ang normalisasyon ay isang proseso para i-standardize ang data para sa paghahambing at pagsusuri. Sundin ang mga pamamaraan ng normalisasyon ayon sa manwal ng gumagamit.

PANIMULA

Ang gabay na ito ay sinadya bilang isang maikling paglipasview ng heliXcyto system at ang mga kakayahan nito. Ang lahat ng mga kabanata ay pinalawak sa pangunahing heliXcyto na gabay na matatagpuan sa https://www.dynamic-biosensors.com/helios-download-latest/

heliXcyto Terminology single-cell Interaction Cytometry

Ang single-cell Interaction Cytometry (scIC) ay isang teknolohiyang sumusukat sa mga binding kinetics ng isang fluorescently na may label na molekula (analyte) sa isang target (ligand) sa ibabaw ng cell sa pamamagitan ng pagre-record ng fluorescent signal sa isang paraan na nalutas sa oras.

Analyte

Ang Analyte ay isang fluorescently na may label na molekula sa isang mobile phase na maaaring magbigkis sa isang target sa ibabaw ng isang cell.

Ligand

Ligand" ay ang pangalang ginamit sa software ng heliOS upang ilarawan ang isang target sa ibabaw ng cell kung saan maaaring magbigkis ang isang analyte. Ito ay maaaring isang molekula ng receptor, isang lipid, isang asukal o isa pang molekula sa ibabaw ng cell.

Cell Trap

Ang mga cell traps ay flow-permeable, biocompatible na polymer cage sa isang heliXcyto chip. Idinisenyo ang mga ito upang makuha at i-immobilize ang mga cell na may iba't ibang laki mula sa humigit-kumulang 6 hanggang 25 µm sa flow channel. Available ang mga cell traps sa 3 iba't ibang laki: maliit, katamtaman at malaki.

heliXcyto Chip

Ang heliXcyto chips ay naglalaman ng isang microfluidic channel na may mga bukas sa bawat panig. Dalawang golden electrode spot ang matatagpuan sa gitna ng channel.

Ang isang spot ay nagsisilbing reference spot, at ang pangalawang spot ay nagdadala ng 3D biocompatible polymer cages para sa cell capture at nagsisilbing measurement spot. Ang lugar ng pagsukat ay maaaring maglaman ng 1 o 5 traps ng parehong uri.
Ang lugar ng sanggunian ay nagbibigay-daan sa real-time na sanggunian ng nakolektang fluorescent signal. Ang heliXcyto chip ay magagamit muli at disposable.

Pagpapanatili ng Chip

Ang Maintenance Chip ay isang solong channel na microfluidic chip na ginagamit para sa lahat ng paglilinis, pagsubok at pagpapatakbo ng pagpapanatili.
Kasama sa mga operasyong ito ang Clean & Sleep routine, Wake Up at Prime routine, System wash at ang Fluidics test. Ang chip na ito ay hindi dapat gamitin para sa mga aktwal na eksperimento sa mga solusyon sa cell/protein upang maiwasan ang karagdagang kontaminasyon ng chip.

Tumatakbong Buffer

Ang tumatakbong buffer ay ang buffer na ginagamit sa heliXcyto sa panahon ng pagsukat. Ang paggamit ng Running Buffer 1 (RB 1) ay karaniwang inirerekomenda.
Mangyaring sumangguni sa scIC compatibility sheet na makikita sa pangunahing gabay para sa higit pang impormasyon.

Sensorgram

Ang scIC sensorgram ay isang plot ng fluorescence response sa counts per second (cps) sa paglipas ng panahon, na naglalarawan ng pag-unlad ng isang pakikipag-ugnayan sa o sa mga cell. Ang curve na ito ay maaaring viewed sa real time sa heliOS sa panahon ng pagsukat.
Kapag nag-aanalisa ng mga sensorgrams, ang pinakaangkop na exponential sa mga naobserbahang fluorescent traces ay tinutukoy at kinetic rate (kon, koff) kinuha.

Kawalang-sigla

Ang passivation ay isang opsyonal na hakbang sa pagtakbo, kung saan ang isang passivation reagent ay ini-inject sa chip at incubated para harangan ang mga surface. Makakatulong ito na maiwasan ang adsorption ng mga analyte sa mga materyales ng chip.

Normalisasyon

Ang isang hakbang sa normalisasyon ay ginagamit upang isaalang-alang ang mga bahagyang pagkakaiba sa mga signal dahil sa pagkolekta ng signal mula sa bawat lugar ng pagsukat ng isang hiwalay na detektor. Ang isang fluorescent dye ng isang tinukoy na konsentrasyon (batay sa pinakamataas na konsentrasyon ng analyte at antas ng pag-label ng analyte) ay iniksyon sa simula ng isang assay. Ang hakbang sa normalisasyon na ito ay awtomatikong kasama sa paraan ng pagsukat, at ang sinusukat na normalization peak ay ginagamit upang awtomatikong itama ang mga pagkakaiba sa pagitan ng mga detector sa panahon ng pagsusuri ng data, bago ang real-time na pagtukoy.

Mga Prinsipyo sa Pagsukat ng scIC

Mga Aplikasyon ng scIC

Sinusukat ng single-cell Interaction Cytometry (scIC) ang mga kinetic rate at affinity ng isang fluorescently na may label na analyte na nagbubuklod at hindi nagbubuklod mula sa target nito nang direkta sa mga buhay na selula.
Ang pagtuklas ng mga analyte sa scIC ay sukat-independiyente at samakatuwid ay may kinalaman sa anumang molekula mula sub-nm hanggang > 100 nm at nauugnay sa lahat ng klase ng molekula mula sa maliliit na molekula, peptides, aptamer, nanobodies, affibodies, antibodies, bispecific antibody formats, protina, protina complexes, hanggang sa mga vesicles (particolemes) at mga virus.

Maaaring tugunan ng teknolohiya ng scIC ang mga sumusunod na lugar ng aplikasyon:

pagsukat ng signal amplitudes sa mga binding screen
kinetic analysis ng kon at koff rates
affinity at avidity evaluation sa pamamagitan ng koff at biphasic fit na mga modelo
mga pagsubok sa pagtitiyak
kamag-anak na dami ng mga protina ng lamad sa ibabaw ng cell
epitope binning at mga pag-aaral sa kompetisyon
inhibition assays
pagtatasa ng internalization ng mga naka-target na protina

Mga Kakayahang Hardware ng heliXcyto

Fluidic System

Ang fluidic system ng heliXcyto ay pinapakain ng hanggang 3 iba't ibang buffer na bote, na nagbibigay-daan sa mga variation sa pagtakbo at pagpapanatili ng buffer. Ang mga pump sa heliXcyto ay maaaring itakda sa mga rate ng daloy sa pagitan ng 20 at 500 µL/min, na tumutugon sa iba't ibang sample at assay requirements. Ang daloy ng channel ng chip ay kumokonekta sa fluidic system sa pamamagitan ng dalawang openings. Ang pagbubukas sa kaliwang bahagi ay konektado sa sample, buffer, at wash lines, habang ang right-side opening ay naka-link sa regeneration line.

Ang two-way fluidic system na ito ay nagbibigay-daan sa matatag na pag-capture ng cell habang nagpapatakbo ng iba't ibang hakbang ng isang pagsukat at kalaunan ay muling pagbuo ng chip para sa in-assay na chip reusability.
Larawan 1. Pagsasama ng chip sa Fluidic system

Optical System

Ang fluorescence signal ay nasasabik ng pula at berdeng light-emitting diodes (LED) at natukoy ng apat na single-photon counter, na kumukolekta ng pula at berdeng signal mula sa bawat lugar sa buong lalim ng channel.

Dalawang independiyenteng signal ang maaaring subaybayan nang sabay-sabay sa parehong lugar ng pagsukat, na nagbibigay-daan sa dalawang pakikipag-ugnayan na masukat nang sabay-sabay sa isang dual-color assay setup.
Larawan 2. Setup ng optika
Ang pagkolekta ng signal mula sa bawat lugar ng pagsukat ay pinangangasiwaan ng isang hiwalay na detektor, na maaaring magresulta sa kaunting pagkakaiba sa mga raw na bilang. Upang isaalang-alang ito, awtomatikong kasama ang isang hakbang sa normalisasyon sa mga pagsusuri sa pagbuo ng data.

Bilang karagdagan sa mga single-photon counter, ang instrumento ay nilagyan ng CCD camera at isang reflected light microscope. Ang mga tool na ito ay nagbibigay-daan para sa real-time na cell imaging, na nagbibigay-daan sa pagtatasa ng integridad ng cell at kalidad ng analyte sa buong pagsukat.
Tinitiyak ng pinagsamang setup na ito na parehong sinusubaybayan ang mga pakikipag-ugnayan at ang mga biological na kondisyon, na nagbibigay ng komprehensibong pagsusuri ng eksperimento.

scIC daloy ng trabaho

Ang Proseso ng Pagsukat ng scIC ay maaaring hatiin sa 3 pangunahing hakbang

Pang-eksperimentong Disenyo sa heliOS: Ang bawat pagsukat ay nagsisimula sa pagdidisenyo ng eksperimento sa heliOS software. Ang daloy ng trabaho ng assay ay naka-set up sa pamamagitan ng pagpili ng mga paunang natukoy na pamamaraan at pagsasaayos ng mga pang-eksperimentong parameter, gaya ng ginamit na linya ng cell, konsentrasyon ng analyte, at mga kundisyon ng buffer. Awtomatikong kinakalkula ng heliOS ang mga tumpak na dami ng mga cell, analyte, buffer, at iba pang mga solusyon na kinakailangan para sa pagsukat, na pinapasimple ang proseso ng paghahanda.
Paghahanda ng mga buffer, analyte, at mga cell: Matapos ma-finalize ang eksperimental na disenyo, ang mga kinakailangang materyales ay inihahanda ayon sa mga pagtutukoy na ibinigay ng heliOS. Ang mga buffer, analyte, at mga cell ay nilo-load sa mga autos ng instrumentoampler
Pagsukat at Pagsusuri ng Data: Isinasagawa ng system ang nakaiskedyul na serye ng mga automated na real-time na pagsukat ng pakikipag-ugnayan na hindi nangangailangan ng karagdagang interbensyon mula sa user. Maaaring suriin ang data habang tumatakbo pa rin ang pagsukat para makakuha ng agarang mga insight sa mga resulta.

scIC Assays sa heliOS

Bilang karagdagan sa mga pagsusuri sa pagbuo ng data, nagbibigay din ang software ng mga pamamaraan para sa pagsubok ng chip, paglilinis at pagpapanatili ng instrumento.

Talahanayan 1. Na-verify na mga pagsusuri sa pagbuo ng data

scIC Kinetics	Sinusukat ang buong kinetics sa mga cell na may analyte association adjustable sa pagitan ng 1 at 5 na konsentrasyon, na sinusundan ng isang solong dissociation pagkatapos ng pinakamataas na konsentrasyon. Alinman sa berde o pula na channel. Naglalaman ng opsyon para sa Analyte only na pagsubok.
scIC Kinetics – Dalawahang Kulay	Sinusukat ang buong kinetics sa mga cell na may analyte association adjustable sa pagitan ng 1 at 5 na konsentrasyon, na sinusundan ng isang solong dissociation pagkatapos ng pinakamataas na konsentrasyon. Parehong pinagana ang berde at pulang channel nang sabay-sabay. Naglalaman ng opsyon para sa Analyte only na pagsubok.
scIC Dissociation – Dalawahang Kulay	Sinusukat ang paghihiwalay ng isang analyte mula sa mga cell na na-pre-incubated sa isang fluorescently na may label na analyte na may berde at/o pulang channel.

Mga Paghahanda at Pagbuo ng Pagsusuri para sa Pagsukat ng scIC

Mayroong ilang mga punto na dapat isaalang-alang bago mag-set up ng scIC measurement

Konsentrasyon ng analyte, Degree ng Labeling, mga katangian, at kalidad.
Solusyon sa normalisasyon at kapangyarihan ng paggulo.
Kalidad at paghawak ng cell.

Analyte Concentration at Degree ng Labeling

Ayon sa karaniwang kinetic measurement practices, inirerekomenda namin ang pagpili ng analyte molar concentration range na 0.1x hanggang 10x ang inaasahang equilibrium dissociation constant (Kd) para sa maramihang concentration kinetics. Para sa single-concentration kinetics o dissociation measurements, ang analyte concentration ay dapat nasa pagitan ng 1x at 10x ng inaasahang Kd. Ang kinakailangang dami ng analyte na kinakalkula para sa isang 10 minutong oras ng pagkakaugnay sa isang rate ng daloy na 25 µL/min ay humigit-kumulang 300 µL.
Ang Degree of Labeling (DOL) para sa isang analyte ay dapat na perpektong 1, kahit na ang mga halaga ng DOL na 2 o 3 ay katanggap-tanggap pa rin. Gayunpaman, magkaroon ng kamalayan na ang isang mas mataas na bilang ng mga label sa isang analyte ay maaaring makaapekto sa mga katangian ng pagbubuklod nito, at maaaring tumaas ang posibilidad ng pagsasama-sama o hindi partikular na pagbubuklod. Upang makamit ang pinakamainam na DOL, sundin ang protocol na ibinigay kasama ng Mga Labeling Kit na naglalaman ng pula o berdeng tina mula sa linya ng heliXcyto reagents.
Normalisasyon
Ang normalisasyon ay ang unang hakbang sa lahat ng paraan ng pagbuo ng data. Binabayaran nito ang mga bahagyang pagkakaiba-iba ng signal na dulot ng paggamit ng magkakahiwalay na mga detektor para sa bawat lugar ng pagsukat. Sa hakbang na ito, ang isang fluorescent dye sa isang konsentrasyon na tinukoy ng gumagamit ay iniksyon sa simula ng assay.
Ang konsentrasyon ng Normalization Solution ay kinakalkula sa pamamagitan ng pagpaparami ng pinakamataas na fluorescently labeled analyte concentration na ginamit sa pagsukat ng Degree of Labeling (DOL) ng analyte. Ang konsentrasyon na ito ay gumagabay sa LED excitation power na inilapat sa panahon ng pagsukat. Ang layunin ay para maabot ng Normalization Solution peak ang humigit-kumulang sa parehong fluorescence signal amplitude bilang pinakamataas na konsentrasyon ng analyte.
Sumangguni sa chart ng konsentrasyon ng Normalization solution sa pangunahing gabay upang itakda ang mga paunang halaga. Tandaan na ang chart ay gumagabay sa mga paunang setting, ngunit ang LED excitation power ay maaaring higit pang maisaayos sa panahon ng assay development.

Kalidad at Paghahanda ng Cell

Ang cell viability ay dapat na higit sa 95%, at ang mga cell sa pangkalahatan ay dapat na nasa mabuting kondisyon. Para sa mga sumusunod na cell, inirerekomenda namin ang pagtatrabaho sa mga cell na 50-70% ay magkakasama.
Para sa mga suspension cell, inirerekomenda namin ang pag-aani sa kalagitnaan ng log phase ng paglago. 50 µl ng cell suspension sa 1E+06 cells/mL ang kailangan bawat run.

Pag-aani ng mga suspension cell

Centrifuge approx. 2E+06 na mga cell sa 300 g para sa 7 minuto upang alisin ang cell culture media. Itapon ang supernatant.
Hugasan ang mga cell nang isang beses sa pamamagitan ng muling pagsususpinde ng cell pellet sa humigit-kumulang. 1 mL ng DPBS. I-centrifuge ang suspensyon sa 400 g sa loob ng 5 minuto upang bulitas ang mga buhay na selula. Maingat na itapon ang supernatant upang alisin ang mga fragment at media.

Dahan-dahang muling pagsuspinde sa 1 mL ng DPBS, ilipat ang suspensyon sa ibabaw ng isang cell strainer at pilitin ang suspensyon sa pamamagitan ng gravity flow.
Sukatin ang cell concentration ng strained suspension at ayusin sa 1E+06 cells/mL.
- TIP: Ang ilang mga suspension cell ay may posibilidad na bumuo ng mga kumpol. Dahan-dahang muling suspindihin ang mga cluster at isama ang isang straining step bago ang unang centrifugation step.
- Gumamit ng wide-bore pipette tip kapag humahawak ng mga cell suspension upang maiwasan ang mataas na puwersa ng paggugupit sa panahon ng paglilipat o muling pagsususpinde.

Adherent cell harvesting

Hugasan ang mga cell gamit ang sterile DPBS.
Ihiwalay ang mga cell mula sa culturing flask gamit ang iyong gustong dissociation reagent (hal. TrypLE).
Isuspinde muli ang mga dissociated na cell sa gustong dami ng media at salain gamit ang 30 nm cell strainer.

Opsyonal, magdagdag ng EDTA sa kaso ng mga cell na mahigpit na nakadikit (5 mM huling konsentrasyon).
I-centrifuge ang mga cell sa 300 g sa loob ng 7 minuto upang alisin ang cell culture media. Itapon ang supernatant.
Muling suspindihin ang mga cell sa 1 mL ng DPBS.
Sukatin ang konsentrasyon ng cell at ayusin sa 1E+06 na mga cell/mL.
- TIP: Ang cell media na natunaw sa 1:4 na may DPBS ay maaaring gamitin upang magdagdag ng mga sustansya sa mga cellamples sa kaso ng mga sensitibong cell o long assay workflow.

Pag-aayos ng Cell

I-centrifuge ang hanggang 10E+06 na mga cell sa 300 g sa loob ng 7 minuto upang alisin ang cell culture media. Itapon ang supernatant.
Isuspinde muli ang cell pellet sa 1 mL PBS, centrifuge at itapon ang supernatant.

Isuspinde muli ang cell pellet sa 500 µL PBS/2% PFA (62.5 µL ng 16% PFA solution + 437.5 µL PBS).
I-incubate ang mga cell sa temperatura ng silid sa loob ng 10 minuto (na may pasulput-sulpot na banayad na pag-alog).
Magdagdag ng 500 µL ng PBS at i-centrifuge ang suspensyon sa 400 g sa loob ng 5 minuto upang alisin ang PFA.

Itapon ang supernatant.
Isuspinde muli ang mga cell sa 1 mL PBS, salain sa pamamagitan ng 30 µm cell strainer, centrifuge (400 g, 5 min) at itapon ang supernatant.
Muling suspindihin ang mga cell sa humigit-kumulang 1 mL ng PBS (opsyonal: ayusin sa panghuling konsentrasyon na 5E+06 cells/mL).
Mag-imbak ng mga fixed cell sa 2-8°C, gamitin sa loob ng isang buwan.
- Kung mas maraming cell ang dapat ayusin, paki-scale up ang lahat ng halaga nang naaayon.
- TANDAAN: Ang bilis ng centrifugation sa panahon ng pag-aani ng mga cell ay maaaring iakma sa uri ng cell, kung ang mga cell ay sensitibo at mas mababang g-pwersa ang karaniwang ginagamit.
- Ang konsentrasyon ng PFA ay maaaring mag-iba sa pagitan ng 0.5 at 4%.

Pag-setup ng scIC Assay

Ang mga sumusunod na scIC assays ay dapat isama sa assay development at maaaring ulitin sa loob ng assay workflows mamaya.

Ang daloy ng trabaho sa pagbuo ng assay ay nahahati sa 3 magkakasunod na hakbang:

Pagsubok ng cyto chip
Pagsusuri lamang ng pagsusuri
Kinetics assay

Pagsubok sa Cyto Chip

Ang kalidad ng isang bagong chip ay kailangang suriin bago gumamit ng isang cyto chip sa isang pagsukat. Magsimula sa pamamagitan ng pagpapatakbo ng Cyto Chip Test nang hiwalay. Tingnan ang Helix cyto chip chapter sa pangunahing gabay kung paano mag-set up at mag-assess ng chip test.

Analyte Only Test

Ang pagbuo ng isang scIC assay ay nagsisimula sa isang Analyte Only Test, na sinusuri ang pag-uugali ng mga fluorescently na may label na analyte sa isang sariwang chip surface na walang mga cell.

Ang pagsusulit na ito ay maaari ding paulit-ulit na pana-panahon upang masuri ang katatagan ng mga may label na analyte. Maaaring i-configure ang scIC Analyte Only Test sa Kinetics assays sa pamamagitan ng pagpapagana sa Analyte only na checkbox sa ilalim ng mga setting ng Cell.
Para sa pagtatasa ng kalidad ng analyte, ang pinakamataas na ginamit na konsentrasyon ay sapat at maaaring i-configure sa pamamagitan ng pag-disable sa lahat maliban sa isa sa mga asosasyon sa assay.

Kinetics Assay Workflow Setup

Karaniwang ginagamit ang kinetics assay sa loob ng isang automated workflow na naglalaman ng parehong data-generating assays pati na rin ang mga elemento ng pagpapanatili. Kapag ang analyte ay nakapasa sa quality control Analyte only na pagsubok, maaari itong magamit sa isang pagsukat sa mga cell.

Upang mapagkakatiwalaan ang dami ng kinetic rate, ang tugon ng signal sa panahon ng pagsasamahan ay dapat na nakasalalay sa konsentrasyon, na tumataas nang may mas mataas na mga konsentrasyon ng analyte.
Ang pinakamataas na konsentrasyon ay dapat umabot sa isang talampas, na nagpapahiwatig na ang nagbubuklod na steady-state ay nakamit. Ang dissociation ay kailangang patakbuhin ng sapat na katagalan upang maalis ang isang malaking bahagi ng nakatali na analyte (higit sa 5%) upang mapagana ang maaasahang pag-aayos ng curve.
Gamitin ang mga default na parameter sa mga kundisyon ng assay bilang panimulang punto at mag-adjust pa depende sa iyong mga resulta.

Example 1. Inirerekomenda ang daloy ng trabaho ng assay

Binibigyang-daan ng assay workflow ang mga user na mag-queue ng mga paraan ng pagsukat at pagpapanatili batay sa kanilang mga partikular na pang-eksperimentong pangangailangan.

Maaaring kasama sa isang assay workflow ang mga sumusunod na hakbang sa ipinahiwatig na pagkakasunud-sunod:

Prime (Maintenance chip)
scIC Kinetics (Mga Cell A, Analyte A, Cyto chip)
System Wash (Maintenance chip)
scIC Kinetics (Mga Cell B, Analyte A, Cyto chip)
System Wash (Maintenance chip)
Analyte lang ang naka-configure na scIC Kinetics (Analyte A, Cyto chip)
- Ginagawa ang Prime at System Wash sa isang Maintenance Chip. Kasama ang System Wash kapag lumipat sa ibang linya ng cell at bago magsagawa ng Analyte Only Test sa dulo ng workflow.
- Para sa higit pang mga detalye, sumangguni sa seksyon sa paghuhugas ng system ng Cyto sa pangunahing gabay.
- Kapag nagsusuri ng kinetics sa mga cell, isaalang-alang ang cell viability, na nakadepende sa cell line.
- Para sa mga sensitibong linya ng cell, inirerekumenda na magpatakbo lamang ng 1-2 assay bawat assay workflow. Para sa mas nababanat na mga linya ng cell, maaaring i-queue ang mga karagdagang assay.
- TANDAAN: Para sa karagdagang mga pagsusuri, maghanda ng cell solution sa magkakahiwalay na vial sa pamamagitan ng iba't ibang pangalan sa mga cell.
- Tiyaking sariwa ang lahat ng reagents at sinasala sa pamamagitan ng 0.22 µm na filter. Panghuli, ilagay ang mga inihandang reagents sa instrumento ayon sa tagubilin ng heliOS.
- Ang pagtakbo ay maaaring simulan sa pamamagitan ng pag-click sa asul na arrow na "Run" na icon at pagsunod sa mga hakbang sa Assay Start Wizard.
- Kapag nagsimula na ang pagtakbo, independyenteng gumagana ang device hanggang sa makumpleto ang buong workflow ng assay.

Pagsusuri ng mga eksperimento sa scIC

Daloy ng Trabaho ng Pagsusuri ng scIC

Ang data ng scIC ay maaaring mag-iba mula sa karaniwang data ng biosensor dahil sa natural na pagiging kumplikado ng mga kaganapan na nagaganap sa mga cell na nakunan sa ibabaw ng heliXcyto chip, na maaaring magresulta sa mga iregularidad ng sensorgram.

Samakatuwid, binibigyang-diin ang kontrol sa kalidad para sa mga larawang nakunan sa bawat hakbang ng pagsukat at para sa mga nabuong sensorgram sa landing page ng awtomatikong pagsusuri.
Bukod pa rito, nagbibigay ang heliOS ng mga tool upang matugunan ang mga iregularidad ng sensorgram sa panahon ng scIC manual data analysis.

proseso ng pagsusuri ng data ng scIC:

Pagsisiyasat ng Larawan:
- Siyasatin ang lahat ng larawang nakunan sa buong pagsukat (tab na Mga Larawan sa window ng eksperimento).
- Ilang mga cell ang nanatiling matatag sa mga bitag sa buong pagsukat?
- Ano ang estado ng mga selula? Suriin kung may granularity at integridad ng cell.
- Malinis ba ang mga bitag pagkatapos ng hakbang sa pagbabagong-buhay?

Pagsusuri ng raw data:
- Suriin ang raw data para sa reference spot 1 at measurement spot 2
- Ang signal ng normalization peak ay dapat na malapit sa o mas mataas kaysa sa pinakamataas na signal ng raw data.
- Babalik ba ang signal sa antas ng baseline sa parehong mga spot, o may ebidensya ba ng hindi tiyak na pagbubuklod?
Normalized Data Check:
- Ang pag-iniksyon ba ay tumalon para sa spot 1 at spot 2 nang maayos?

Reference Data Check:
- Ibinabalik ba ng hakbang sa pagbabagong-buhay ang signal sa baseline? Kung hindi, tingnan kung may mga cell o debris sa mga bitag pagkatapos ng regeneration sa pamamagitan ng reviewsa mga larawan.
- Mayroon bang mga spike, outlier, o iba pang mga iregularidad sa mga reference na curve? Kung gayon, muliview ang mga larawan upang matukoy ang mga potensyal na dahilan at isaalang-alang ang mga manu-manong pagsasaayos.

Data Fit Check:
- Pagsasagawa ng pagtatasa ng kalidad ng visual
- Ang akma ba ay tumpak na naglalarawan sa gawi ng mga kurba, o ang fit line ba ay tumatawid sa sensorgram?
- Ang akma ba ay naglalarawan sa kurbada ng data?
- Ay ang amplitude na naaayon sa isinangguni na data?

scIC Automated Data Analysis

Pinoproseso ng scIC automated analysis ang raw data sa mga plot ng kontrol sa kalidad at nilagyan ng data sa ilang pag-click lang.
1. Magbukas ng scIC experiment sa pamamagitan ng pag-double click sa napiling eksperimento sa Listahan ng Eksperimento
2. I-click ang malaking asul na button na Pag-aralan sa ibaba ng tab ng eksperimento.
3. Mula sa workflow ng eksperimento, piliin ang assay na gusto mong suriin.
4. Piliin ang Kinetics scIC mula sa mga available na uri ng pagsusuri at i-click ang Susunod.
  - TANDAAN: Kung tumatakbo pa rin ang eksperimento, ang mga nakumpletong assay lang ang ipapakita sa listahan. Kapag napili ang isang assay, ipapakita ng susunod na window ang lahat ng available na uri ng pagsusuri na partikular sa pamamaraan/assay na ginamit.
5. Kung kinakailangan, i-configure ang pagsusuri sa susunod na window. Ang default na fit na modelo ay "Kinetics - Libreng antas ng pagtatapos" na may checkbox na "Force fit end level to Zero" na naka-activate. Lumihis lamang sa modelong ito kung nangangailangan ang biology o data ng mas kumplikadong paglalarawan.
6. Kapag natapos na ang configuration, i-click ang Suriin upang makita ang lahat ng mga nakuhang snapshot, raw at naprosesong sensorgram, at mga kinetics na halaga.
Dahil sa likas na pagiging kumplikado ng sampginagamit para sa scIC assays, ang mga resultang sensorgrams ay maaaring magkaroon ng mga iregularidad.

Upang matugunan ito, ang kontrol sa kalidad ng mga imahe at sensorgram ay binibigyang diin sa awtomatikong pagsusuri.
Kung kinakailangan ang mga manu-manong pagwawasto o higit pang malalim na pagsusuri, ang mga tool para sa pagwawasto ng artifact ay ibinibigay sa loob ng manu-manong pagsusuri sa Scratchpad.

heliXcyto Pagpapanatili at Dekontaminasyon

Ang pagpapanatili ng heliXcyto ay mahalaga upang matiyak ang pinakamainam na pagganap at mahabang buhay ng instrumento. Kasama sa regular na pangangalaga ang mga pamamaraan sa paglilinis na pumipigil sa kontaminasyon at nagpapanatili ng integridad ng system, na nagbibigay-daan sa mga tumpak na resulta at maayos na operasyon. Ang pare-parehong pangangalaga ay mahalaga para sa pagiging maaasahan ng instrumento at ang kalidad ng mga resultang pang-eksperimento.
Ang pagpapanatili ng heliXcyto ay nangangailangan ng dalawang pangunahing pamamaraan: Cyto System Wash, na maaaring direktang isama sa isang assay workflow, at Clean & Sleep, na ginagawa bilang isang hiwalay na routine upang mapanatili ang instrumento kaagad bago gamitin pagkatapos ng nakaraang mas mahabang overnight measurement o kapag hindi ginagamit nang higit sa 2 araw.

Parehong kinakailangan ng System Wash at Clean & Sleep ang pagkakaroon ng heliX® Maintenance Chip sa chip tray.

Clean & Sleep Routine

Ang gawaing Clean & Sleep ay para sa paglilinis at pag-shut-down/pag-imbak ng device. Ang pamamaraan ay nagbanlaw muna sa fluidic tubing ng isang heliX® device gamit ang ultrapure na tubig at pagkatapos ay may 70% na ethanol. Sa wakas, ang lahat ng mga tubo ay pinalalabas ng hangin.
Ang pamamaraan ng paglilinis na ito ay ganap na awtomatiko at tumatagal ng humigit-kumulang 40 minuto. Sa panahon ng pamamaraan, ang ethanol ay ibinubuhos sa bote ng tubig, kaya ang mga nilalaman ng bote ay dapat na itapon pagkatapos.

Pagkatapos ng Clean & Sleep, papasok ang instrumento sa sleep mode at hindi magagamit hanggang sa magsagawa ng Wake Up & Prime. Ang isang heliX® Maintenance Chip ay kinakailangan para sa parehong pagtakbo.
MAHALAGA: Upang maiwasan ang kontaminasyon ng tubo, siguraduhing itapon ang mga nilalaman ng bote ng tubig (tubig/ethanol mixture) at alisan ng laman ang lalagyan ng basura pagkatapos ng pamamaraan ng paglilinis.

Shut-down at pangmatagalang imbakan

Para sa matagal na panahon ng hindi paggamit, mangyaring alisin ang bote na naglalaman ng tubig at ethanol pagkatapos ng Clean & Sleep procedure mula sa buffer tray at iwanan ang tubing na nakahantad sa hangin.

Alisin din ang heliX® Maintenance Chip, at itabi sa orihinal nitong bag. Pinipigilan nito ang backflow at kontaminasyon. I-off ang device.

Cyto system wash

Ang heliXcyto System Wash ay malawakang nililinis ang microfluidic system gamit ang Cleaning Solution 3 (CS3) sa loob ng humigit-kumulang 45 minuto. CS3 ay kinuha sa dalawang stages. Unang karayom at sample loop ay napuno at incubated upang alisin ang anumang contaminants.
TANDAAN: Magpatakbo ng Cyto System Wash nang hindi bababa sa araw-araw kapag ginagamit ang device. Inirerekomenda naming idagdag ang paraan ng Cyto System Wash sa isang assay workflow pagkatapos ng bawat assay (kapag lumipat sa bagong cell line o kung sampang kalidad ay suboptimal) o hanggang sa dulo ng isang daloy ng trabaho ng assay. Exchange maintenance chip pagkatapos ng maximum na 50 Cyto System Washes na ipinapakita bilang Regeneration count sa Chip tray view ng kontrol ng Device.

Makipag-ugnayan

Dynamic Biosensors GmbH
Perchtinger Str. 8/10
81379 Munich
Alemanya
Bruker Scientific LLC
40 Manning Road, Manning Park
Billerica, MA 01821

USA

Impormasyon ng Order order.biosensors@bruker.com
Teknikal na Suporta support.dbs@bruker.com
www.dynamic-biosensors.com
Ang mga instrumento at chips ay ininhinyero at ginawa sa Germany.
Para sa Gamit ng Pananaliksik Lamang. Hindi para gamitin sa mga klinikal na diagnostic procedure.

FAQ

Mga FAQ sa scIC

Maaari ko bang gamitin muli ang heliXcyto chip?

Oo, ang heliXcyto chip ay magagamit muli at disposable. Sundin ang wastong mga alituntunin sa paglilinis at pag-iimbak.

Ano ang layunin ng Maintenance Chip?

Ang Maintenance Chip ay ginagamit para sa paglilinis, pagsubok, at pagpapatakbo ng pagpapanatili upang matiyak ang wastong paggana ng system.

Gaano kadalas ko dapat linisin ang device?

Ang fluidic system ng heliXcyto ay pinananatiling malinis gamit ang Cyto System Wash at Clean&Sleep na pamamaraan. Inirerekomenda ang microfluidic system na linisin sa pamamagitan ng Cyto System Wash sa isang Maintenance Chip pagkatapos ng bawat assay (lalo na kapag nagpapalit ng uri ng cell) o pinakabago sa pagtatapos ng workflow ng assay. Ang pamamaraan ng Clean&Sleep ay dapat ilapat bago gamitin pagkatapos ng nakaraang mahabang pagsukat (hal. sa umaga pagkatapos ng magdamag na eksperimento) o kapag hindi na gagamitin ang heliXcyto nang higit sa 2 araw na pagsara.

Gaano katagal maiimbak ang mga solusyon: RB 1 / tubig/ CS 1 / CS 3 / Normalization solution sa device?

Sa pangkalahatan, bago ang bawat pagsukat, lahat ng solusyon ay susuriin para sa natitirang dami at para sa potensyal na labo o pag-ulan. Sa ganitong kaso, ang solusyon ay kailangang palitan kaagad. Ang tubig at RB 1 ay dapat palitan araw-araw at ang RB 1 ay dapat na salain bago ang bawat pagsukat. Maaaring gamitin ang diluted Normalization solution sa loob ng 2 araw nang sunud-sunod. Ang Mga Solusyon sa Paglilinis ay matatag sa humigit-kumulang 3 araw.

Gaano katagal ko magagamit ang heliXcyto chip?

Maaaring suriin ang petsa ng pag-expire ng heliXcyto chip sa tab na Chip tray sa seksyong Device sa heliOS. Walang garantiya para sa integridad ng chip ang maibibigay pagkatapos ng petsa ng pag-expire. Gayunpaman, hangga't ang mga bitag ay nananatiling matatag, ang ibabaw ay malinis, at ang fluorescence na background ay nasa ibaba ng cut-off na ipinahiwatig sa Chip Test, ang chip ay itinuturing na magagamit para sa mga sukat. Regular na panlabas na paglilinis ng chip (Chip Cleaning kit CCK-1-1 ay inirerekumenda na isagawa pagkatapos ng paggamit ng chip upang mapahaba nang malaki ang buhay ng chip.

Gaano ko katagal magagamit ang Maintenance chip?

Ang Maintenance chip ay kinakailangang mapalitan pagkatapos ng 50 System wash (binibilang bilang mga pagbabagong-buhay sa tab na Chip tray ng Device control sa heliOS).

Gaano kadalas dapat gawin ang heliXcyto Chip Test?

Nangongolekta ang Chip Test ng impormasyon tungkol sa fluorescence na background, kalinisan, at integridad ng chip bago magsimula ng bagong eksperimento. Ito ay isasagawa nang hindi bababa sa isang beses kapag ang isang bagong chip ay ginagamit, ngunit inirerekomenda na isagawa bago o sa simula ng bawat eksperimento upang suriin ang katayuan ng chip. Nagbibigay-daan ito sa pag-aayos ng mga kondisyon ng pagsukat at ang mga abnormalidad sa mga sensorgram ay ma-trace sa chip o device.

Ano ang analyte labeling chemistry?

Ang isang pula o berdeng fluorescent dye, ayon sa pagkakabanggit, ay isinasama ng aming mga labeling kit sa pamamagitan ng NHS-esters sa mga pangunahing amin sa mga analyte ng protina (hal. lysines o N-terminus). Matatagpuan ang mga detalye at seksyon ng pag-troubleshoot sa aming heliXcyto Labeling Kit na pulang pangkulay (Labeling Kit red dye 2 CY-LK-R2-1) at heliXcyto Labeling Kit green dye (Labeling Kit green dye CY-LK-G1-1 ) na mga manual mula sa aming webtindahan.

Saan mahahanap ang mga kredensyal ng heliOS at impormasyon ng lisensya?

Ang proseso ng pagpasok ng mga kredensyal at impormasyon ng lisensya ay inilarawan sa seksyon ng Pag-install ng heliOS sa heliXcyto na gabay mula sa aming website (heliXcyto guide). Ang impormasyon ng iyong lisensya ay dapat na naka-save sa scIC folder sa heliXcyto PC Desktop, na ginawa ng aming Application Specialist sa panahon ng pagsasanay.

Ano ang mga saklaw ng paggulo/paglabas ng heliXcyto ?

Ang paggulo sa pula ay 605-625 nm, ang emission (detection) ay 655-685 nm. Excitation sa berde 490-510 nm, ang emission sa berde ay 525-575 nm.

Ilang beses ko kailangang sukatin ang parehong eksperimento para sa pagiging maaasahan ng istatistika?

Upang makamit ang maaasahang average na kinetic rate, 3-4 na pag-uulit ng 3-concentration na mga sukat ng Kinetics ay inirerekomenda na isagawa sa isang homogenous na populasyon ng cell. Sa isang pare-parehong set ng data, ang mga rate ng pagkakaugnay at paghihiwalay ng mga replika ay dapat nasa loob ng 2-4 na beses na palugit.

Ano ang sensitivity ng scIC measurements?

Ang mas mababang limitasyon sa pagtuklas sa mga tuntunin ng target na expression ay nakasalalay sa pag-label ng analyte, ngunit karaniwan nang nasusukat ng scIC ang mga kinetics sa kasing-ilang 1000-10000 molecule bawat cell. Upang mapataas ang pagiging sensitibo, hindi bababa sa 5 mga cell ang inirerekomendang makuha, at ang pag-analyte ng DOL ng 5-10 at LED na kapangyarihan ay dapat balansehin upang makamit ang pinakamataas na bilang ng fluorescence.

Ano ang mga limitasyon ng pagtuklas ng heliXcyto sa mga tuntunin ng kinetic rate?

Mangyaring sumangguni sa mga teknikal na detalye ng heliXcyto para sa pinaka-up-to-date na mga teknikal na limitasyon, na makikita sa heliXcyto na gabay (heliXcyto guide). Dissociation constant Kd: 10 pM to 1 mM Association rate constant kon: 1E3 to 1E7 M-1s-1 Dissociation rate constant koff: 1E-6 to 1 s-1 Para sa detalyadong impormasyon mangyaring tingnan ang aming heliXcyto na gabay mula sa aming website.

Mga Dokumento / Mga Mapagkukunan

dynamic na BIOSENSORS heliX cyto na Ganap na Automated Laboratory Analysis System [pdf] User Manual
heliX cyto Fully Automated Laboratory Analysis System, heliX cyto, Fully Automated Laboratory Analysis System, Automated Laboratory Analysis System, Laboratory Analysis System, Analysis System, System

Mga sanggunian

User Manual

dynamic na BIOSENSORS heliX cyto na Ganap na Automated Laboratory Analysis System

Impormasyon ng Produkto